Das Zulassungsverfahren beginnt mit Einreichung der Unterlagen bei der örtlich zuständigen Kreisverwaltungsbehörde (Landratsamt oder kreisfreie Stadt) oder Kontrollbehörde für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen (KBLV), die eine Vorprüfung durchführt. Sofern der Zulassungsantrag nicht direkt an die zuständige Zulassungsbehörde (z.B. Regierung) übermittelt wurde, wird dieser dorthin weiterleitet.
Nach Antragstellung und Vorprüfung erfolgt eine Ortsbesichtigung zur Überprüfung, ob die im jeweiligen Einzelfall relevanten Anforderungen erfüllt sind.
Bei der Beurteilung der Zulassungsvoraussetzungen eines Betriebs kann die zuständige Behörde tierärztliche Sachverständige hinzuzuziehen. Die Zuziehung weiterer, nicht-tierärztlicher Sachverständiger ist möglich.
Das Verwaltungsverfahren wird durch Erlass eines Zulassungsbescheides abgeschlossen.
Mit der Zulassung erhält der Betrieb eine individuelle, veröffentlichte Zulassungsnummer für TNP (Tierische Nebenprodukte)-Betriebe, die ihn auch in den Handelspapieren und verpflichtenden Aufzeichnungen im Handelsverkehr identifiziert.